1、成分不同

益生菌是有生物活性的细菌，对人和动物有益，以双歧杆菌为代表。

益生元主要是无生物活性的糖类物质，是不能直接被宿主消化吸收，而是维持益生菌的“养料”，能够被肠道内有益细菌分解吸收，促进有益细菌的生长繁殖。


2、作用方式不同

益生元是促进肠道有益菌的生长从而发挥间接作用，益生菌是直接作用。


益生菌有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。


3、受胃酸环境的影响不同

在胃部强酸性的环境下，益生菌作为添加的外来细菌，其活性在一定程度上会受到胃酸的破坏，只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效；而益生元只是一种糖类，而不是生物，不存在存活率的问题。


4、生产和保存条件不同

益生菌菌株存活环境要求较高，对生产和包装工艺都有很高标准要求，益生菌的载体最好是片剂、胶囊和粉末，且必须低温冷藏保存，这样才能最大限度地保持其中活性益生菌的数量。如乳酸制品中的益生菌，一般保质期在1个月内，冷藏温度控制在2~10℃左右。